Thorsten Wagner

Projektgruppenleiter, Strukturbiochemie

Computational Structural Biology

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Forschung im Überblick

Die Arbeitsgruppe “Computational Structural Biology” erforscht neue softwarebasierte Methoden, um die Grenzen dessen zu erweitern, was Bildverarbeitung und maschinelles Lernen derzeit für die Strukturbiologie leisten können.

Methodisch liegt der Fokus auf der Objektlokalisierung und Segmentierung von Datensätzen der Kryo‐Elektronenmikroskopie. Darüber hinaus wird an der Automatisierung bestehender Abläufe und Pipelines gearbeitet. Die Arbeitsgruppe unterstützt andere WissenschaftlerInnen der Abteilung durch individuelle Bild- und Datenanalysen.

Diese Methoden ermöglichen es WissenschaftlerInnen, Erkenntnisse aus Experimenten zu gewinnen, die durch manuelle Analysen nicht oder nur unter hohem Zeitaufwand zu erzielen sind.

 

Ausgewählte Publikationen

Schöenfeld F, Stabrin M, Shaikh TR, Wagner T, Raunser S (2022). Accelerated 2D Classification With ISAC Using GPUs. Front Mol Biosci.
Quelle

Wang Z, Grange M, Pospich S, Wagner T, Kho A.L, Gautel M, Raunser S (2022). Structures from intact myofibrils reveal mechanism of thin filament regulation through nebulin. Science
Quelle

Wagner T, Raunser S (2020). The evolution of SPHIRE-crYOLO particle picking and its application in automated cryo-EM processing workflows. Communications Biology 
Quele

Stabrin M, Schoenfeld F, Wagner T, Pospich S, Gatsogiannis C, Raunser S (2020). TranSPHIRE: automated and feedback-optimized on-the-fly processing for cryo-EM Nat Commun 
Quelle

Wagner T, Lusnig L, Pospich S, Stabrin M, Schönfeld F, Raunser S (2020).Two particle-picking procedures for filamentous proteins: SPHIRE-crYOLO filament mode and SPHIRE-STRIPER. Acta Cryst Sect D Struct Biol.
Quelle