Thorsten Wagner

Projektgruppenleiter, Strukturbiochemie

Computational Structural Biology

Forschung im Überblick

In den letzten Jahren haben maschinelle Lernenverfahren die Strukturbiologie revolutioniert. Die Art und Weise, wie wir Proteinenstrukturen und andere Biomoleküle analysieren hat sich gewandelt. Fortgeschrittene Bildverarbeitung und maschinelles Lernen werden nun routinemäßig von Forschenden zur beschleunigten Strukturbestimmung eingesetzt. Neue Methoden ermöglichen bessere Biologie. Deshalb möchte unsere Forschung die Grenzen dessen erweitern, was Bildverarbeitung und maschinelles Lernen derzeit für die Strukturbiologie leisten können.

Methodisch liegt der Schwerpunkt unserer Gruppe auf der Objektlokalisierung und Segmentierung von Datensätzen der Kryo-Elektronenmikroskopie. Darüber hinaus arbeiten wir an der Automatisierung bestehender Arbeitsabläufe und Pipelines, um genauere Ergebnisse schneller zu erhalten. Die Arbeitsgruppe unterstützt andere WissenschaftlerInnen der Abteilung durch individuelle Bild- und Datenanalysen.

Ausgewählte Publikationen

Schöenfeld F, Stabrin M, Shaikh TR, Wagner T, Raunser S (2022). Accelerated 2D Classification With ISAC Using GPUs. Front Mol Biosci.
Quelle

Wang Z, Grange M, Pospich S, Wagner T, Kho A.L, Gautel M, Raunser S (2022). Structures from intact myofibrils reveal mechanism of thin filament regulation through nebulin. Science
Quelle

Wagner T, Raunser S (2020). The evolution of SPHIRE-crYOLO particle picking and its application in automated cryo-EM processing workflows. Communications Biology
Quele

Stabrin M, Schoenfeld F, Wagner T, Pospich S, Gatsogiannis C, Raunser S (2020). TranSPHIRE: automated and feedback-optimized on-the-fly processing for cryo-EM Nat Commun
Quelle

Wagner T, Lusnig L, Pospich S, Stabrin M, Schönfeld F, Raunser S (2020).Two particle-picking procedures for filamentous proteins: SPHIRE-crYOLO filament mode and SPHIRE-STRIPER. Acta Cryst Sect D Struct Biol.
Quelle

Wagner T, Merino F, Stabrin S, Moriya T, Antoni C, Apelbau A, Hagel P, Sitsel O, Raisch T, Prumbaum D, Quentin D, Roderer D, Tacke S, Siebolds B, Schubert E, Shaikh TR, Lill P, Gatsogiannis C, Raunser S (2019). SPHIRE-crYOLO is a fast and accurate fullyautomated particle picker for cryo-EM. Communications Biology
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